------------------------------------------------------------- Lettre MODE août 2009 Envoyez vos contributions en format simple texte à champion@univ-tln.fr avant la fin du mois. Prière d'indiquer "pour la lettre MODE" dans l'objet. L'inscription et la désinscription automatiques se font en écrivant à lettre-mode-smai-request@emath.fr et en mettant dans le sujet suivant le cas subscribe ou unsubscribe. ------------------------------------------------------------- Table des matières : -- Renouvellement du bureau du groupe MODE 1- site internet et bulletin (par courrier, avant le 10 septembre) -- Stages - Thèses - Postes 2- Bourse et sujet de thèse à l'Université Paris-Est -- Divers documents 3- Rapport de l'observatoire de l'emploi des ingénieurs diplômés 4- L'évaluation individuelle des chercheurs 5- Should you believe in the Shangaï ranking ? ------------------------------------------------------------- 1- site internet et bulletin (par courrier, avant le 10 septembre) (source: Guillaume Carlier) La liste des candidats et le bulletin de vote à imprimer sont maintenants disponibles sur le site web du groupe MODE, dont l'adresse est désormais: http://www.math.univ-montp2.fr/~bayen/MODE/index.html C'est en effet Térence Bayen qui s'occupe de la page web du groupe, merci de reprendre le flambeau. Un grand merci à Didier Aussel qui a géré la page du groupe pendant de longues années! Petit rappel: comme chaque année, le groupe MODE renouvelle un tiers de son comité de liaison. Sont sortants non rééligibles (deux mandats): Jean-Marc Bonnisseau, Marcel Mongeau et Tristan Tomala. Sont sortants rééligibles (un mandat): Laetitia Andrieu, Jérôme Bolte et Mustapha Bouhtou. Remercions les sortants de leur implication dans le comité de liaison et plus généralement dans la vie de notre communauté. Le bureau a recueilli 7 candidatures pour 6 postes à pourvoir. Vous avez jusqu'au 10 septembre 2009 pour voter en faisant parvenir votre bulletin **sous double enveloppe** à Jérôme Bolte à l'adresse suivante: Jérôme Bolte, Equipe Combinatoire et Optimisation, Case 81, UFR 929, Université Paris 6 175 rue du Chevaleret, 75013 Paris ------------------------------------------------------------- 2- Bourse et sujet de thèse à l'Université Paris-Est (source: Caroline Chaux et Pierre Maréchal) Image Restoration for Confocal Macroscopy Context Optical imagery techniques for biological samples are in constant evolution, due to the advent of novel biological imaging methods and the development of new instruments. There is a necessity to associate increasingly advanced data processing, as well as computational and analysis methods in order to fully exploit these new modalities. After many years spent developing new imagery systems capable of imaging smaller and smaller samples (e.g. confocal microscopes), confocal macroscopes have been recently commercialized and have begun to be employed in some scientific observation platforms in France such as in the Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC) Strasbourg, http://www-ulp.u-strasbg.fr/actualites/index.php/2007/10/16/1153-inauguration-macroscope-confocal-Leica This kind of imagery systems allows scientists to observe relatively large samples (up to a few centimeters) at various scales and to acquire data in three dimensions plus time (3D movie). These new devices raise significant image processing and analysis challenges. Objectives In this work, we propose to investigate deconvolution algorithms in order to restore confocal macroscopy images, and to deal with noise, focus and motion artifacts in a consistent manner. Two preliminary points we have to deal with are the nature of the noise and the point spread function (PSF) models; a study of the characteristics of the noise (i.e. shape of its probability distribution and values of the related hyper-parameters) will be performed, using statistical estimation methods. This is a key point that will guide the choice of restoration method to be designed. A first working direction that will be investigated is a variational approach relying on a convex criterion to be minimized. This criterion consists of different terms which can be decomposed into two categories: data fidelity term and regularization terms. The classical problem can be formulated as the minimization of the sum of two convex functions (fidelity term g (x) and a priori term f (x)) over a real separable Hilbert space H. By possibly splitting these terms, the following generic optimization problem may be solved: Minimize {Sum_i f_i (x) : x in H} Two classes of optimization frameworks allowing us to address this minimization problem will be investigated: • continuous convex optimization using advanced variational tools and proximal iterative algorithms [1] • discrete convex optimization using combinatorial optimization techniques related to graph theory, such as the celebrated graph cut methods, or related methods such as Continuous Maximum Flows. [2]. To the best of our knowledge, no comparisons between the two optimization strategies have been performed on practical image restoration problems and it would therefore be interesting to evaluate both of them in terms of convergence speed, complexity and precision in the context of macroscopy imaging. A combination of the two strategies could also be considered. A second investigation direction is the extension to non convex optimization problems which may correspond to more accurate models of degradation processes. Concerning further research directions, it is important to note that the mentioned variational approaches involve hyper-parameters to be set (scaling factors, exponents,...). Hyper-parameter estimation is a main problem that needs tonbe addressed. Some methods already exist such as Expectation-Maximization, Monte Carlo Markov Chains, cross-validation but their computational costs are often high. Discrete hyperparameter optimization methods will be investigated. Since the considered confocal macroscopy techniques provide large amounts of 3D+t data, they will be demanding in terms of computational complexity. However, biologists expect image processing delays of at most a few minutes. This means that attention must be paid to the implementation of the proposed methods. Implementations in C/C++ of the proposed algorithms will be essential, taking advantage of parallelism on multi-core or massively parallel architectures (by using libraries such as OpenMP, GPGPU) in order to accelerate the deconvolution process. Obviously these are complex problems that the prospective student is not expected to solve by themselves, but by working in a team. Practical informations The PhD will take place in the Laboratoire d’Informatique Gaspard Monge http://igm.univ-mlv.fr/LabInfo which is a joint research center between University Paris-Est (located at Champs sur Marne, RER station Noisy-champs) and CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique). LIGM is easily accessible from downtown Paris by public transportation (15 mn from Nation station by RER). The advisors are: • Dr Caroline Chaux (CNRS Research Fellow) http://www-syscom.univ-mlv.fr/∼chaux • Prof. Jean-Christophe Pesquet http://www-syscom.univ-mlv.fr/∼pesquet • Prof. Hugues Talbot http://www.esiee.fr/∼talboth/ The PhD should begin on September or October 2009. Candidates should send a résumé to caroline.chaux@univ-paris-est.fr showing their motivation and capabilities in developing an advanced research project in image processing (inverse problems,optimization, wavelets,...). They should be at graduate level (Master or equivalent engineering degree). ------------------------------------------------------------- 3- Rapport de l'observatoire de l'emploi des ingénieurs diplômés (source: Jean-Baptiste Hiriart-Urruty) Ce document public peut intéresser celles et ceux qui sont engagés dans les formations de type ingénierie, y compris dans les universités. ------------------------------------------------------------- 4- L'évaluation individuelle des chercheurs (source: Jean-Baptiste Hiriart-Urruty) L'évaluation individuelle des chercheurs et des enseignants-chercheurs en sciences exactes et expérimentales par l'Académie des Sciences, à récupérer à l'adresse suivante: http://www.academie-sciences.fr/actualites/textes/recherche_08_07_09.pdf Commentaire personnels. Ce texte est long ; néanmoins, si ce n'est déjà fait, j'engage les collègues à le lire en détail comme je l'ai fait moi-même. Pour les plus pressés, ils peuvent s'en tenir aux premières pages, "Résumé et recommandations". J'ai trouvé le document intéressant et innovant à plusieurs titres, même s'il ne répond pas à tous nos questionnements (ils sont divers et nombreux) : - D'abord, le rapport est ciblé : sciences exactes et expérimentales ; une bouffée d'air frais par rapport à tout ce qu'on a entendu en cette (difficile) année sur l'évaluation en général, y compris des sornettes par certains collègues de "Sauvons l'université". - On voit que les membres de la Commission sont des personnes expérimentées, mesurées, bien au courant des réalités et des difficultés. - Certaines choses sont écrites ici de manière nette pour la première fois (concernant la fonction d'enseignement, la diffusion des connaissances, les applications industrielles, etc.). Souhaitons que les universités concernées (à dominantes sciences et techniques) fassent bonne utilisation de ce rapport, et que celui-ci ne termine pas, comme la plupart des autres rapports de ce type, au "cimetière ministériel des rapports". ------------------------------------------------------------- 5- Should you believe in the Shangaï ranking ? (source: Jean-Baptiste Hiriart-Urruty) A MCDM view (May 2009), à récupérer à l'adresse suivante: http://www.lamsade.dauphine.fr/cahiers/PDF/cahierLamsade283.pdf Auteurs : des collègues informaticiens (PolytechTours), Billaut, Bouyssou, Vincke, spécialistes de MCDM (Multiple Criteria Decision making). La lecture en est édifiante sur la méthodologie suivie (par Shangaï), en opposition à bien des égards avec les méthodes et règles de la discipline... ------------------------------------------------------------- Thierry Champion -- Laboratoire Imath -- Université du Sud Toulon-Var page personnelle: http://champion.univ-tln.fr